Формирование коллекций Государственного Дарвиновского музея началось в 1907 году с частного собрания Александра Федоровича Котса - основателя и первого директора музея.
С тех пор число экспонатов многократно умножилось и в настоящее время насчитывает 342700 единиц хранения. В экспозиции музея выставлено около 5000 экспонатов. Остальные находятся в хранилищах музея и используются на временных и передвижных выставках.