С 1990 года пост главного врача поликлиники занял Гончаров Анатолий Викторович. С его приходом в поликлинике был произведен капитальный ремонт здания поликлиники, приобретено современное медицинское оборудование (импортные стоматологические установки, первый в Башкирии компьютерный радиовизиограф, лазерный лечебный аппарат и прочее, произведена компьютеризация поликлиники (проведена локальная сеть, внедрены несколько сетевых компьютерных программ, использующихся в лечебном процессе, бухгалтерии, статистике, имеется интернет, сайт), внедрены новые технологии, требующих таких качеств руководителя, как компетентность, чувство нового, умение поставить перед собой задачу и довести ее до конца. За период руководства А.В. Гончарова и при его поддержке повысили свои профессиональные знания врачи и средний медперсонал поликлиники, повысилась категорийность врачей.
7 марта 2001г. состоялось открытие нового здания клинической стоматологической поликлиники Башкирского государственного медицинского университета по адресу: ул. Чернышевского, 104., протянувшегося вдоль улицы Цюрупа.